市長黃偉哲於事發當下立即指示：成立緊急應變小組，出動警察、交通、民政、社會等相關局處支援，由戴謙副市長親赴現場坐鎮指揮，工作同仁也留守至深夜高鐵恢復行駛，確認旅客疏運完畢，備極辛勞。
期間市府同仁除於現場協助協調，調度轄內遊覽車及客運公司90部專車協助雙鐵進行旅客接駁，同時因高鐵台南站一夜之間湧入十餘萬人旅客，警局也調派周遭警力進駐高鐵站周邊各主要道路，疏導道路交通以利接駁車進出順暢。
此外，區公所、民政局、社會局也都至現場關心、提供物資，市民服務熱線更在幕後加班解答民眾疑難，市府各局處總動員，衍生大量行政成本。
台南市政府表示：對於此一事故衍生之行政成本及造成市府之損失，市府已委任律師向東南水泥請求民事賠償241萬餘元，要求東南水泥應負責到底，以維台南市府及市民權益。