海保署表示，自事故發生，污染防治應變工作分為三階段，第一階段為高風險重油移除，同時配合油污擴散模擬、衛星觀測及遙控無人機（UAV）等科技工具，監控擱淺貨輪是否有油污外洩，同時要求船舶所有人以三層攔油設施加強防護，若發現油污即進行清除作業。在水質監測部分，該署及臺東縣環保局共同進行基本水質檢測，水質檢測結果顯示溶氧量與pH值皆符合甲類海域水質標準，溫度、鹽度、光學濁度及光學總藻類等測項未有明顯異常。海保署另要求船舶所有人除在難船附近海域採樣，需要在蘭嶼整島週邊共9處採樣點進行連續檢測，作業直到船體移除。

海保署說明，第一階段重油移除後進入第二階段貨物、船體移除及生態影響評估作業，船舶所有人已委辦國外專業團隊至該貨輪擱淺地點潛水調查，發現該貨輪於約25公尺水深接觸到海底，自最初之碰撞點起，該貨輪接觸海底移動約50-100公尺，最終於距海岸線約100公尺處停止，此部分的生態影響將納入整體復育計畫內。本案貨輪所載貨物為水淬高爐碴，國外專家評估，其物質安全資料表(MSDS)載明其無毒性，其對生態覆蓋與擾動的物理性衝擊及影響將列入損害評估及復育計畫。

海保署指出，有關貨物清除已建議先以小規模試驗最佳回收方式，避免大規模擾動海洋生態環境，並規劃由國內外專家共同制定詳細的貨物清除、生態監測及珊瑚復育計畫，貨物清除時將沿著與船隻平行的海岸線定期進行海域生態監測調查，避免清除作業對當地生態造成二次傷害。後續將於船隻殘骸及海底散落貨物清除時執行生態調查監測，並於船隻殘骸及貨物清除完成後，依擬定珊瑚礁生態之監測與復育計畫，推動後續第三階段的復育及長期監測工作。

海保署署長陸曉筠表示，針對「BLUE LAGOON」貨輪擱淺事件，雖然第一階段污染風險已解除，未來將結合航港局及國內外專業團隊，儘速推動船上殘貨及船體移除工作，同時進行生態監測與珊瑚復育計畫，力求減少對海洋生態的衝擊。海保署重申，將持續關注蘭嶼海域的環境變化，確保這片海域的生態平衡得以恢復，為保護台灣寶貴的海洋資源不遺餘力。